На старте японской гонки Стоунер смог сохранить лидерство. Главные изменения происходили позади Кейси.
С четвертой на вторую позиции пробился Дани Педроса, а вот Хорхе Лоренсо наоборот со второго места опустился не четвертое. Неудачей закончилась гонка в Мотеги для Валентино Росси, который проехал чуть более полукруга и сошел с дистанции.
Первая тройка гонщиков после первых кругов стала выглядеть так: Стоунер, Педроса, Довициозо. Кейси начал понемногу отрываться от пары Педроса-Довициозо, но Андреа решил побороться за победу и красиво обошел Дани. Стоунер к тому моменту не успел получить критического преимущества и Довициозо начал понемногу съедать отставание. В такой ситуации как гром среди ясного неба грянуло сообщение от стюардов, что Андреа совершил фальстарт и наказан проездом по пит-лейн.
После того как показалось, что интрига за победу умерла, решил преподнести сюрприз Кейси Стоунер. Австралиец совершил ошибку на торможении и проехался по гравию. Эта помарка стоила нескольких мест.
После штрафа Довициозо и ошибки Стоунера первая пятерка стала выглядеть следующим образом: Педроса-Лоренсо-Баутиста-Хэйден-Стоунер. К большому сожалению Хорхе его байк в гонке не был быстр, и шансов догнать Педросы почти не было, в этой ситуации главный интерес на трассе заключался в том сможет ли Кейси улучшить свое положение в гонке.
Стоунер начал постепенно подъезжать к Хэйдену и давить американца в борьбе за 4 место. Ники изо всех сил старался отбивать атаки пилота Хонды. Дукати не смогла долго сдерживать притязания Кейси, и он прошел Хэйдена, а уже на следующем круге догнал и обогнал Баутисту, выйдя на третье место в гонке.
К моменту выхода Стоунера на подиум положение лидеров было следующим: Дани Педроса почти на 2 секунды опережал Хорхе Лоренсо, который в свою очередь имел 10 секунд преимущества над Кейси. До конца гонки не один из пилотов не смог приблизится на расстояние атаки. Все они так и финишировали в том же порядке. Таким образом, Лоренсо немного сократил отрыв от Стоунер в общем зачете, но не смог полностью воспользоваться ошибкой австралийца.
Результаты гонки (положение лидеров):
1. Д. Педроса (Honda) 42:47.481
2. Х. Лоренсо (Yamaha) +7.299
3. К. Стоунер (Honda) +18.380
4. М. Симончелли Honda +23.550
5 А. Довициозо (Honda) +23.691
6. Б. Спис (Yamaha) +37.604
7. Н. Хэйден (Ducati) + 39.167
8. К. Эдвардс (Yamaha) +45.023
Общий зачет чемпионата (положение лидеров):
1. К. Стоунер — 300 очков
2. Х. Лоренсо — 260 очков
3. А. Довициозо — 196 очков
4. Д. Педроса — 195 очков
5. Б. Спис — 156 очков
6. В. Росси — 139 очков
7. Н. Хэйден — 123 очка
