Первые минуты квалификации показали, что не только Хонды хорошо приспособились к Эшторилу. Хорхе Лоренсо вместе с примкнувшими к нему Кейси Стоунером и Андреа Довициозо выехал из 1:38, а вот Дани Педроса уступил лидерам более секунды и выпал даже из топ-10. Валентино Росси выступил немногим лучше: 1:38,693 и восьмое место.
Лоренсо увеличил темп и сбросил со своего времени три десятых, после чего в Хонде почувствовали, что нужно что-то предпринимать. Стоунер и Педроса усердно принялись атаковать результат Лоренсо, но отставание на последнем секторе все время не давало им потеснить Хорхе с промежуточного поула. Кэл Кратчлоу сумел подняться из середины пелотона на 4-е место, но ворваться в тройку было выше его сил (также имело место отставание на четвертом секторе). За 12 минут до конца из-за столкновения Колина Эдвардса и Рэнди де Пюнье сессия была приостановлена. Колин не смог самостоятельно покинуть место аварии...
В оставшееся время гонщики выложились по максимуму. За 5 минут до клетчатого флага на первое место неожиданно выбрался Кратчлоу, но под натиском Стоунера и Педросы британец отступил; Лоренсо же решающую битву проиграл и в итоге не попал на первый ряд.
Результаты квалификации:
1. Кейси Стоунер (Honda) - 1:37,188
2. Дани Педроса (Honda) +0,013
3. Кэл Кратчлоу (Yamaha) +0,101
4. Хорхе Лоренсо (Yamaha) +0,278
5. Бен Спис (Yamaha) +0,535
6. Альваро Баутиста (Honda) +0,729
7. Андреа Довициозо (Yamaha) +0,755
8. Эктор Барбера (Ducati) +0,818
9. Валентино Росси (Ducati) +0,871
10. Ники Хэйден (Ducati) +1,065
11. Штефан Брадль (Honda) +1,077
12. Алейш Эспаргаро (ART) +2,165
13. Карел Абрахам (Ducati) +2,210
14. Рэнди де Пюнье (ART) +2,398
15. Йонни Эрнандес (BQR-FTR) +2,841
16. Микеле Пирро (FTR) +3,037
17. Маттия Пазини (ART) +3,199
18. Колин Эдвардс (Suter) +3,776
19. Джеймс Эллисон (ART) +4,206
20. Данило Петруччи (Ioda) +4,298
21. Иван Силва (BQR-FTR) +4,302