Матчи предварительного раунда пройдут с 7 по 12 августа. За выход в основной раунд поспорят 27 команд, из которых 14 являются дебютантами турнира. В ходе жеребьевки участники были разбиты на семь групп, из которых дальше пройдут только победители.
Матчи основного раунда пройдут с 4 по 9 сентября. По две лучшие команды из каждой группы попадут в элитный раунд. В Кубке УЕФА-2012/13 участие примет и украинская Энергия, которая сыграет в Чехии с Хрудимом, с клубом из Румынии Тыргу-Муреш, а также с победителем группы А.
Предварительный раунд (7-12 августа)
Группа A: Леотар (BIH)*, Лексмакс (MDA), Бальцан Ютс (MLT)
Группа B: Элвесия (ENG), Лида (BLR), Копенгаген (DEN)*, Влера (ALB)
Группа C: ИИД (IRL), Минерва (SUI), Олстарз (AUT)*, Анкара (TUR)
Группа D: Антверпен (BEL), Спортинг Париж (FRA)*, Гамбург Пантерс (GER), Сантос (SCO)
Группа E: Маккаби Нахалат (ISR)*, Вегакамератене (NOR), Шаумян (ARM), Энкамп (AND)*
Группа F: Ильвес (FIN), Гранд Про (BUL)*, Ибра (SWE), Кардифф Сити (WAL)
Группа G: Железарец (MKD)*, Единство (MNE), Бекентас (LTU), Анжи Таллин (EST)
Основной раунд (4-9 сентября)
Группа 1: Лупаренсе (ITA), Слов-Матик (SVK), Омония (CYP)*, победитель группы F
Группа 2: Экономац (SRB), Никарс (LVA)*, победитель группы E, победитель группы G
Группа 3: Хрудим (CZE)*, Тыргу-Муреш (ROU), Энергия (UKR), победитель группы A
Группа 4: Иберия Стар (GEO), Атина-90 (GRE), Лития (SVN)*, победитель группы D
Группа 5: Динамо Москва (RUS), Академия (POL), Сплит (CRO)*, победитель группы B
Группа 6: Араз (AZE), Эйндховен (NED), Дьор (HUN)*, победитель группы Group C
Автоматический пропуск в элитный раунд (9-14 октября)
Барселона (ESP, дейсвующий победитель), Бенфика (POR), Мурсия ESP), Кайрат (KAZ)
